Setelah lulus, M Thohir diamanahkan menjabat sebagai Komandan Peleton II/A Yonif 144/JY tahun 1999.
Prestasi yang terus meningkat membuat karir M Thohir semakin mentereng.
Satu tahun setelah menjabat Danton II/A Yonif 144/JY, M Thohir menjabat satuan tempur lainnya sebagai Danton III/A Yonif 145/BALAU.
Hingga pada akhirnya M Thohir mulai menjejak karir saat berdinas di Kodam II/Swj.
BACA JUGA:Ekonomi Terbesar di Asia Tenggara Ini Tawarkan Perjalanan Bebas Visa dari20 negara
BACA JUGA:Ada Tim Dalwalsev Binsat Pusenif di Markas Yonif 143 Tri Wira Eka Jaya, Ternyata ini Tujuannya
Di wilayah Kodam II/Swj, M Thohir menjabat sebagai Dankiwal Denmadam II/Swj, Dantim 1/B Deninteldam II/Swj, Pasima Deninteldam II/Swj, lalu DAN BKI-B Deninteldam II/Swj tahun 2003.
Lalu pada tahun 2008, mengikuti pendidikan Suslapa Infantri dan di tahun 2009 menjabat sebagai Gumil Gol VI Deptik Pussenif.
Selanjutnya di tahun 2010, menjadi Kasipamops Pusdikif Pussenif, dan pada tahun 2011 menjadi PS.Kasiops Rem 174/ATW DAM XVII/CEN.
Karirnya terus mulus dan dipercaya sebagai Kabaglat Rindam XVII/CEN di tahun 2012.
BACA JUGA:Renang Dasar Dengan Gaya Ini, Siswa Tamtama TNI-AD Gel-1 2024 Tempug Jarak 50 Meter
3 bulan berikutnya menjadi PS Kasi Binlat Baglat Set Kodiklat TNI AD. Lalu diangkat menjadi Kasi Binlat Baglat Set Kodiklat TNI AD di tahun 2013.
Satu bulan menjabat sebagai Kasi Binlat Baglat Set Kodiklat TNI AD, Brigjen TNI Muhammad Thohir, beliau diangkat dalam jabatan barunya sebagai Kasmin Pangdam II/Swj. Kemudian pada tahun 2014, menjadi Danden Inteldam II/Swj.
Pada tahun 2015, jenderal TNI bintang satu ini, melanjutkan karirnya menjabat sebagai Dandim 0406/Lubuklinggau REM 044/Gapo DAM II/Swj.