- Uang Kuliah Tunggal (UKT) per semester
- Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Pemerintahan: Rp 3.000.000
- Fakultas Perikanan: Rp 3.000.000
- Fakultas Pertanian: Rp 3.100.000
- Fakultas Teknik Informatika dan Teknik Sipil: Rp 3.500.000
- Fakultas Teknik Industri, PWK, dan Teknik Lingkungan: Rp 3.000.000
- Fakultas Hukum: Rp 3.000.000
- Fakultas Ekonomi: Rp 3.500.000
- Fakultas Ilmu Keguruan dan Ilmu Pendidikan: Rp 3.500.000
- Magister Hukum (S2): Rp 8.000.000
- Biaya Pembangunan: Rp 5.000.000.
2. Universitas Muhammadiyah Kupang (UMK)
• Biaya Pendaftaran berkisar antara Rp500.000 hingga Rp1.000.000.
• Uang Kuliah Tetap per semester berkisar antara Rp3.000.000 hingga Rp7.000.000, tergantung pada fakultas dan program studi.
• Uang Kuliah Variabel
Biaya tambahan untuk mata kuliah tertentu, praktikum, dan kegiatan akademik lainnya bisa mencapai Rp1.000.000 hingga Rp 3.000.000 per semester.